A kollégiumi könyvtár története egyidős az iskolával. Feltehetően az 1520-as esztendők második felében, a lutheránus iskola indulásával kezdődött ez a történet, ami szerint a református iskola - hivatalosan - 1531-től indult, 1549-től kollégium, 1566-tól pedig már kálvinista lelkészképző akadémia.

Egyházi könyvtárról azért beszélhetünk, mert a megszületését a reformáció lendületének köszönhette, s az elsődleges rendeltetése lelkipásztorok képzése volt a sokasodó gyülekezetek és a szaporodó közegyházi feladatok ellátása érdekében. Sem az egyház, sem az iskola nem létezhetett könyvek nélkül. A kollégiumi rendszabályzat (1618) számol a könyvtárral, egyes részleteiben feltételezhetően már az 1570-es évektől.

A könyveket az idősebb diákok soraiból választott könyvtárnokok kezelték, akiket a közigazgató esketett fel tisztségükre ezzel a formulával: „Én - N.N. - a sárospataki iskola könyvtárnoka, szentül ígérem, hogy az iskola törvényei szerint, a közösségnek minden reám bizott vagyonát hűségesen megőrzöm és arról gondoskodom. Mindenekben nem a magam, de a közhasznot tekintem. A tanítók iránt köteles tisztelettel és engedelmességgel viseltetem, azoknak nevét, jó hírét, tekintélyét mindig és mindenütt oltalmazom, az iskola törvényeiben előírt, hivatalos kötelességeket - lehetőség szerint - hűségesen teljesítem, s az iskola jó hírét, nevét, úgy az idegenek, mint a kollégiumi polgárok előtt, fenntartom. A könyveket a kollégiumi polgároknak személyválogatás nélkül, használatra kiadom, a kiadottakat, vagy valamiként elhány adottakat, minden áron visszaszerzem, s a helyekre teszem, minden reám bízottról -azoknak, akiket illet -jó lelkiismerettel számot adok. A Szentháromság egy, örök, igaz Isten engem úgy segéljen! Amen!"

A tiszáninneni egyháztest, a Zempléni Református Egyházmegye, majd 1735-től a Tiszáninneni Református Egyházkerület a kollégiumi intézmények - közöttük a Nagykönyvtár - fenntartója. A könyvtári bevételei között szerepeltek a lelkész-szentelésre készülők adományai, a perselypénz, a nemesek és a közrendűek beiratkozási díjai, aláírási, tanítói, térítvényi, árverési, temetési, pecsételési díjak, a büntetés-pénzek, joghallgatók felajánlásai s az eladott duplum-példányok értékesítéséből származó összegek. A 19. század elejétől a tanárok javaslatai alapján, egyházkerületi bizottság döntött a beszerzendő könyvek minőségéről és mennyiségéről.

A Fejedelmi könyvtárat azért emlegethetjük, mert 1658 után a kollégiumi könyvállomány kiegészült a Rákócziak - család könyvtárával. Abban az időben, amikor Medgyesi Pál udvari lelkipásztor ezt a gyűjteményt a Magyar Királyság és az Erdélyi Fejedelemség leghíresebb könyvtárának mondja, kétségkívül a nemzeti könyvtár szerepét töltötte be. A könyvtár virágkoraként emlegethetjük ezt az időszakot, hiszen a fenntartói a fejedelmi család tagjai, akiknek szívügyük a könyvgyűjtés, de a könyvkiadás ugyanúgy és mint legjelentősebb támogatói, akartak, s tudtak áldozni rá. Már azelőtt is évente támogatták az iskolai könyvtárat pénzzel és könyvekkel, hogy (III.) Rákóczi Zsigmond a Kollégiumra hagyta volna ezt a gyűjteményt, amivel az iskolának európai szintű könyvtára lett. Korábban apja -I. Rákóczi György - külön termet építtetett a kollégiumi könyveknek. Nem véletlen az, hogy Sárospatakot a tanulni vágyó nemes ifjak látogatták első sorban. A külföldi egyetemeket járó diákok pedig megteremtették azt a századokon át érvényesülő modellt, amely szerint megbízatásra vagy személyes felajánlásként, hazatérve könyveket hoztak régi iskolájuknak. A könyvtár az utolsó erdélyi fejedelem - II. Rákóczi Ferenc - oltalomlevelének köszönheti az újraindulását és könyvállománya nagy részének a visszaszolgáltatását 1705-ben az ellenreformációs üldözések első hulláma után.

Az iskolai könyvtár idővel nem csupán a lelkészképzés szolgálatában fejlődött, hanem azon világiak igényeinek is igyekezett megfelelni, akik bölcseleti, jogi, természettudományi tanulmányok után tudósnak készülve tovább folytatták külföldön tanulmányaikat, vagy akik itthon vármegyei szolgálatba álltak, városi hivatalt vállaltak, vagy a tanítást választották hivatásuknak. A Kollégium történelmi vonzáskörzete a Trianoni Békediktátum (1920) előtt kiterjedt a Felvidék, Kárpátalja, a Tiszántúl és a Partium egy részére A Diktátum után - 1990-ig - ez a körzet - bár a Kollégium országos beiskolázású maradt - inkább a szűkebb régióra - Borsod-Abaúj-Zemplén megyére - szorítkozott. Az egymásra épülő alsó-, közép- és felsőfokú oktatás számos iskola együttesét alakította ki a Kollégium keretein belül, melyek mindegyike megteremtette a maga számára szükséges, korszerű könyvtári gyűjteményt. Amikor az oktatás nyelve a latin helyett a német lett, sokat tettek a magyar nyelvű tankönyvek és szakirodalom szerzeményezéséért és a nemzeti nyelvű oktatás végleges bevezetéséért.

A könyveket a 16. században a Trója-Huta-Fazekas sor középkori épületében őrizték. A következő században - 1641-ben - külön boltíves termet építettek a számukra. Egy évszázad sem kellett hozzá, hogy ezt kinője a gyűjtemény, amely a Paradicsom soron kapott új termet. A 19 századi Nagykollégium klasszicista teremkönyvtárba 1834-ben szállították át a könyveket. Nagy részük mára az 1986-ban épült Repositorium épületében került elhelyezésre.

A Kollégium Tudományos Gyűjteményének része napjainkban a Nagykönyvtár, a Levéltár, az Adattár és a Múzeum intézményeivel együtt. A kutatók mind a négy intézményben egyszerre is kutathatnak, ha szükséges.

A főiskola könyvtára az ellenreformációs bujdosás viszontagságait elszenvedve, csupán a 18. század végére tudta pótolni a keletkezett hiányosságait és folytatni a virágkorában elkezdett szolgálatát. A raktári katalógus mellett betűrendes és szakkatalógus igazította el az olvasókat.

A tudós Szombathy János (1749-1823) nyitja meg azoknak a tanároknak a sorát, akik a tanítás mellett a főkönyvtárnok munkáját ellátják. Módszeresen gyűjti a magyar nyelvű történeti, irodalmi, szakmai műveket. Utódja Somossy János (1783-1855) a modern teológiai szakirodalom gyarapításában jeleskedik. Soltész Ferenc (1821-1915) főkönyvtárnok idejében alakítják meg a Népiskolai Könyvtárat az erőszakos németesítés ellensúlyozására. Erdélyi János (1814-1868) 16 szak szerint osztályozza a könyveket. Szinyei Gerzson (1836-1919), Horváth Cyrill (1865-1941), Harsányi István (1873-1928), Gulyás József (1885-1954), Ujszászy Kálmán (1902-1994), tudósként, tanárként, könyvtárnokként egyaránt kiemelkedő szakmai munkát végeznek. A 20. század elejétől a főkönyvtárnoki állást a tanáritól függetlenítve töltik be: Czegle Imre (1912-2002), Szentimrei Mihály (1924-1999).

1950 és 1990 között a megszüntetett Kollégium maradványaként működik a Tudományos Gyűjtemény, 1990 óta ismét az újra indult Kollégium része, annak általános-, közép- és főiskolájával együtt.

A II. világháború végén mintegy másfélezer művet tartalmazó pataki gyűjteményt vittek a Szovjetunióba az orosz csapatok, aminek 3/4 részét a magyar állam 2006-ban visszavásárolta, így azok 61 év után visszatérhettek eredeti helyükre a Nagykönyvtárba. Melynek az általános művelődést kiszolgáló alapkönyvtára, a szakmai gyűjteményei, a felsőoktatási könyvtára kedvező feltételeket teremt a tudományos kutatáshoz és munkához.